Ботанический сад был основан в 1874 году указом Министерства образования Королевства Сербия по предложению ботаника Йосифа Панчича, который также стал его первым управляющим. Первоначально участок, выделенный Панчичу, находился на берегу Дуная, в районе Дорчол, в конце улицы Дунавска. Участки были заброшены этническими турками, которые покинули Белград после того, как турецкий военный гарнизон тоже покинул город в 1867 году. Город пожертвовал 1400 дукатов, и Панчич организовал это по крупицам. Был адаптирован рельеф местности, и была построена набережная на Дунае. Панчич был доволен тем, что участок находился в непосредственной близости от центра города и парка Калемегдан, так что белгородцы могут с легкостью посещать сад. Участок был разделен на несколько отдельных садовых участков, был построен дом для садовника, и сад был официально открыт в 1880 году.
Однако близость сада к Дунаю не сулила ничего хорошего для развития сада из-за наводнения, несмотря на набережную. Панчич подал заявку на другой участок земли, но умер в 1888 году. Через месяц после его смерти, в октябре 1888 года, сильное наводнение уничтожило почти все, что посадил Панчич. Год спустя, в 1889 году, еще более сильное наводнение затопило остатки сада водой глубиной в один метр и уничтожило все, что уцелело после предыдущего наводнения. Сохранился только какой-то экземпляр, переданный в сад Красного Креста. Сад пришел в негодность.
