Гандбольный клуб «Кубань» основан в 1973 году Александром Ивановичем Тарасиковым, который руководил командой более 30 лет и привел «Кубань» к самым громким успехам на внутренней и международной спортивной аренах.
Шесть лет хватило новой команде для выхода в элиту советского гандбола. А уже в 1983 году пришел первый успех – завоевание серебряных медалей чемпионата СССР. В те годы главной командой Союза, да и всей Европы, был киевский «Спартак», царивший на советском троне с 1969 по 1988 годы. Именно «Кубань» стала первой, кто снял гегемонию Киева. В сезоне 1988/1989 в эпическом противостоянии с «Ростсельмашем» в серии до двух побед «Кубань» вырвала золотые медали чемпионов СССР.
Гандбольная «Кубань» первой среди кубанских команд во всех игровых видах спорта завоевала звание чемпиона СССР; первой среди кубанских команд выиграла европейский кубок; «Кубань» была первой и остается до сих пор единственной женской гандбольной командой Юга России, игравшей в финале Кубка европейских чемпионов. Всего «Кубань» завоевала 14 комплектов медалей чемпионатов СССР и России, два Кубка обладателей кубков европейских стран, пять раз «Кубань» играла в финалах европейских кубковых турниров.
В середине двухтысячных интерес к гандболу снизился, «Кубань» ушла на второй план у любителей спорта и спонсоров. Долгое время клуб оставался поставщиком игроков для других команд. Анна Сень, Владлена Бобровникова, Оксана Киселева, Екатерина Ильина, Мария Гарбуз, Анна Пунько и многие другие известные сегодня игроки начинали свой спортивный путь именно в «Кубани».
В олимпийский, 2016 год, у «Кубани» с приходом нового инвестора началась новая жизнь. Еще до Олимпийских игр команду возглавил Евгений Трефилов, а состав пополнился известными игроками – Мариной Судаковой, Екатериной Маренниковой, Яной Усковой, Оксаной Королёвой и другими. После триумфа на Олимпийских играх в «Кубань» перешли еще три олимпийские чемпионки – Виктория Калинина, Виктория Жилинскайте и Полина Кузнецова. Матч открытия чемпионата страны 9 сентября с «Ростов-Доном» в Краснодаре стал самым рейтинговым поединком в мире среди клубных команд. Ведь в составах двух команд в тот день находилось 12 олимпийских чемпионок!
В сезоне 2016/2017 "Кубань" смогла завоевать первые за последние 17 лет медали чемпионата России - бронзовые. В Кубке ЕГФ краснодарская команда дошла до 1/4 финала, уступив будущему финалисту немецкому "Битигхайму". В Кубке России "Кубань" дошла до финала, где уступила "Ростов-Дону".
В сезоне 2018/2019 краснодарская команда снова завоевала бронзовые награды чемпионата России, сумев дойти до 1/4 финала Кубка ЕГФ.
