Музейная экспозиция «Булгаковского Дома» — это интерактивное пространство, занятое не только постоянной экспозицией о жизни и творчестве М. А. Булгакова, но и постоянно меняющимися выставками. Бывшая квартира, в которой располагается музей, имеет площадь чуть более 100 кв. м. из 5 комнат. Для некоторых экспозиций и музейных событий используются выставочные площади на черной лестнице и летней веранде во дворе. Также музей славится своими тайными комнатами, познакомиться с которыми гости могут во время особых экскурсий.
В трех залах с применением современных технологий экспонируется архив фотографий, документов, публикаций, а также предметы эпохи, связанные с писателем и его жизнью. В музее работает уникальная электронная экспозиция, проводятся специально разработанные экскурсии по музею и Москве, ведутся научно-исследовательские работы.
В каждом зале установлены телефонные аппараты с помощью которых можно прослушать не только краткую экскурсию по залу, но и связаться с некоторыми персонажами из романа "Мастер и Маргарита". Билеты на экскурсионный трамвай, тематические и театрализованные экскурсии можно приобрести в кассе музея. Широко известна уникальная электронная экспозиция, посвященная жизни и творчеству М. А. Булгакова. Она содержит более 500 фотографий и документов, а также фрагменты из фильмов и спектаклей по произведениям писателя.
Электронная экспозиция постоянно обновляется и дополняется. Таким образом, собирается полный электронный архив всех существующих документов и ценностей, связанных с жизнью и творчеством М. А. Булгакова.
Здесь хранится посмертная маска писателя, а также предметы эпохи и быта. В число экспонатов музея входят: папка и кожаный плащ М. А. Булгакова; портрет М. А. Булгакова, оформленный его сестрой; коллекция медицинских инструментов из больницы, в которой работал Булгаков; сумочка второй жены писателя Л. Е. Белозерской; ваза из семьи Светлаевых, описанная в романе «Белая гвардия» и др.
Несколько раз в год в музее проводятся выставки современных художников, делая таким образом «Булгаковский Дом» настоящим галерейным пространством.
